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Banca de DEFESA: EDILAINE DORIA ARAÚJO

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: EDILAINE DORIA ARAÚJO
DATA: 29/08/2023
HORA: 10:00
LOCAL: DIDATICA VII, SALA 408A
TÍTULO: Avaliação in silico do perfil de expressão gênica associado às diferentes lesões causadas pelo papilomavírus humano
PALAVRAS-CHAVES: Câncer cervical, lesões cervicais, expressão gênica, NGS.
PÁGINAS: 64
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Genética
SUBÁREA: Genética Molecular e de Microorganismos
RESUMO:

O câncer cervical é o segundo tipo mais comum nos países em desenvolvimento e o quarto mais comum em países desenvolvidos. As mulheres jovens possuem maior chance de sobrevida ao tratamento preventivo, quando a infecção já se encontra instalada. As infecções causadas por determinados tipos de papilomavírus humano, HPV, são as principais responsáveis pelo desenvolvimento de câncer cervical no Brasil e no mundo. Dessa forma, estabelecer um perfil transcriptômico utilizando sequenciamento de RNA contribui na compreensão das alterações citológicas e morfológicas até o surgimento do câncer do colo de útero. Este estudo visa fornecer informações para uma abordagem potencial terapêutica e seleção de novos biomarcadores, contribuindo para avaliação prognóstica de mulheres naturalmente infectadas por HPV. Logo, o objetivo do presente estudo é investigar o perfil de expressão gênica nas diferentes lesões e câncer cervical causado pelo HPV para a identificação de potenciais biomarcadores. Para isso, foram utilizadas sequências de RNA geradas por next-generation sequencing (NGS), oriundas da plataforma ilumina, de amostras cervicais, sem lesão, com lesão e câncer cervical causadas por HPV, disponíveis no Genome Expression Omnius (GEO). As bibliotecas de RNAs dos projetos GSE147009 e GSE 149763 foram selecionados. A plataforma galaxy foi utilizada para transformar os arquivos de entrada FASTA ilumina em saída de arquivos FASTQ. A avaliação da qualidade de sequências foi realizada utilizando o FASTQC e o corte da qualidade foi considerado o valor de Phred. Foram utilizadas as ferramentas Trimmomatic para remoção dos adaptadores e Tophat para alinhamento das reads com o genoma de referência humano. O total de genes expressos foi observado utilizando a ferramenta cufflinks. Para análise de expressão diferencial foi utilizada a ferramenta cuffdiff. O tamanho de cada biblioteca de RNA demonstrou em média reads pired-ends entre 155.244.590 e 34.511.420. A análise da qualidade das sequências demonstrou que todas as reads possuíam boa qualidade, tendo um valor de Phred médio de acima de 30. O alinhamento mostrou que 80,56% das sequências foram mapeadas com o genoma humano de referência (GRC38.p14 homo sapiens). A análise de expressão gênica identificou um total de 61.219 hits (GSE147009) e 57.794 hits (GSE149763). Um total de 1577 Differentially Expressed Genes (DEGs) foram observados. Foi utilizada a ferramenta HISAT2 para mapeamento das rads com o genoma de referência humano. O alinhamento mostrou que 90,30% das sequências foram mapeadas com o genoma humano de referência (GRC38.p14 homo sapiens) (GSE147009) e 23,40% (GSE149763). A ferramenta htseqcount foi utilizada e demonstrou que a expressão gênica identificou um total de 54.628 hits (GSE147009) e 28.720 hits (GSE149763). A ferramenta DESEq2 foi utilizada e demonstrou que 2896 Differentially Expressed Genes (DEGs) foram identificados (GSE147009). Os estudos envolvendo o papel da expressão gênica para elucidar a progressão das diferentes manifestações clínicas se tornam relevantes para um melhor entendimento da progressão das lesões, auxiliando na avaliação do prognóstico da doença.


MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - KIYOSHI FERREIRA FUKUTANI
Presidente - 2026761 - MARCUS VINICIUS DE ARAGAO BATISTA
Interno - 3313666 - MOISES THIAGO DE SOUZA FREITAS

Notícia cadastrada em: 16/08/2023 09:11
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