O rotavírus do grupo A (RVA) é o principal agente etiológico das gastroenterites em crianças com idade inferior a 5 anos de idade, sendo responsável por milhares de mortes anuais causadas por diarreia e milhões de hospitalizações. Em 2006 foi introduzida no Brasil a vacina monovalente Rotarix como o intuito de diminuir os casos de diarreia provocadas pelo RVA. Entretanto, mesmo com a redução no número de mortes o vírus permanece circulando sendo ainda responsável por milhões de casos de diarreia infantil ao ano. O RVA apresenta alta diversidade e genótipos variados, devido sua capacidade de rearranjo genético, que pode levar ao aparecimento de novas cepas que não são reconhecidas pelos componentes vacinais. Diante disto, este trabalho teve como objetivo verificar a prevalência de rotavírus nos casos de diarreia infantil no Estado de Sergipe entre 2013 a 2020. O diagnóstico de viral foi realizado por RT-qPCR em amostras de fezes diarreicas de crianças menores de 10 anos coletadas em duas urgências pediátricas do Estado. Amostras positivas de RVA com maior carga viral foram selecionadas para fazer o sequenciamento dos genes que codificam as proteínas externas VP7 e VP4 para identificação dos genótipos dos rotavírus circulantes. No período de janeiro de 2013 a março de 2020, foram coletadas e analisadas 920 amostras diarreicas, das quais 192 (20,8%) foram positivas para o RVA. Os sintomas de maior frequência foram vômito (70,7%) e febre (74,5%). A média de idade das crianças incluídas no estudo foi de 20 meses sendo a maioria meninos (56,2%). Entretanto, observou-se que a infecção por RVA foi menos frequente em crianças menores de 24 meses, o que pode estar relacionado com a elevada cobertura vacinal na região. As sequencias gênicas das proteínas VP7 e VP4 foram obtidas em 8 e 10 amostras positivas respectivamente. Foram identificados dois genótipos diferentes de G, G1 e G3, e dois genótipos de P, P4 e P8. Na análise inicial foram observadas diversas mutações do tipo pontual ao longo de todas as sequências de G e P, quando comparadas com as sequências disponíveis no GenBank. O genótipo mais prevalente foi o G3P[8] (77.7%), sendo também identificada uma nova estirpe de G3P[8]. Considerando que o rotavírus permanece contribuindo com mais de 20% dos casos de diarreia infantil e ainda a alta variabilidade genética evidenciada nas linhagens circulantes faz-se necessária a vigilância epidemiológica constante do RVA na região bem como o incentivo a manutenção de altas coberturas vacinais.