Papilomavírus bovino (BPV) pertence à família Papillomaviridae, pode causar lesões no tecido epitelial e possui 27 tipos conhecidos. Nem todos os tipos de BPV estão associados ao desenvolvimento de câncer em bovinos. Além disto, estudos têm mostrado que variantes de tipos de papilomavírus humano podem apresentar diferentes perfis patogênicos. Entretanto, apesar da similaridade, ainda não se sabe se variantes de tipos de BPV também possam apresentar variados graus de patogenicidade. Desta forma, o objetivo deste estudo foi avaliar a variabilidade genética de tipos e variantes de BPV isoladas no Nordeste do Brasil. As amostras foram obtidas a partir de animais com lesões papilomatosas. O DNA de BPV foi detectado por amplificação do gene L1 e a genotipagem realizada por sequenciamento. Baseado nas sequências, as mutações foram analisadas em um contexto filogenético, estrutural e funcional. Foram obtidas 52 amostras, sendo identificados 11 tipos diferentes de BPV nas amostras. Também foram identificados alguns prováveis novos tipos de BPV, além de mutações não-sinônimas que foram preditas alterar a estabilidade da proteína. O estudo demonstrou uma alta diversidade genética de BPV na região, com um grande número de mutações identificadas, servindo de base para que medidas de controle mais eficientes possam ser adotadas para a papilomatose bovina.