A região do Baixo São Francisco, impactada por atividades antrópicas intensas, enfrenta desafios ambientais, incluindo a construção de barragens. A cunha salina, um fenômeno derivado do fluxo mínimo do rio e influências das marés, avança na foz, afetando a circulação e transporte de sal. Com uma mesorregião de 25.500 km² nos Estados de Sergipe e Alagoas, a vida nessas áreas é diretamente impactada por atividades como pesca, aquicultura, geração de energia e uso inadequado da terra. A diminuição das afluências e o clima árido agravam os conflitos, especialmente para comunidades rurais dependentes da água. Este trabalho possui como objetivo avaliar parâmetros físicos e químicos das águas coletadas na região do Baixo São Francisco e propor um índice de qualidade das águas com foco em salinidade que permita a avaliação do comportamento temporal e espacial da qualidade das águas na região. Os parâmetros físico-químicos da qualidade da água, serão obtidos a partir de dados secundários e de forma complementar, serão realizadas três campanhas de amostragem em período seco e úmido, em cada local de monitoramento. Os parâmetros físico-químicos serão medidos in situ por meio de uma sonda multiparâmetros bem como serão realizadas análises laboratoriais das amostras. A análise estatística dos dados será feita na Plataforma R Studio e os mapas serão criados no QGIS e Google Earth. A seleção de variáveis índice bem como a determinação e seus pesos será realizada por meio de análise multivariada, considerando matriz de correlação, análise fatorial e análises de componentes principais, onde será possível transformar um conjunto de variáveis correlacionadas em um conjunto menor de variáveis não correlacionadas e determinar um peso ponderado para cada variável. A partir da interpretação dos resultados das análises, será proposto um índice de qualidade da água específico para a região de forma a permitir uma interpretação rápida e precisa das condições hídricas locais ao longo do tempo, orientando políticas públicas e auxiliando na gestão dos recursos hídricos na região.