O curso de graduação em Engenharia de Pesca da Universidade Federal de Sergipe foi criado no ano de 2006, a partir da Resolução Nº35/2006, aprovada pelo Conselho Superior desta Universidade e entrou em funcionamento no ano seguinte, no Campus Universitário Prof. José Aloísio de Campos, em São Cristóvão, Sergipe. O curso de graduação em Engenharia de Pesca da UFS objetiva formar profissionais de elevada capacitação técnica, científica e gerencial que sejam aptos para desenvolver ações e obter resultados que visem o conhecimento da biodiversidade dos ecossistemas aquáticos, atuando no seu manejo e gestão, na sustentabilidade socioambiental, na explotação responsável dos recursos pesqueiros, na construção e gerenciamento de obras inerentes à atividade pesqueira, produção aquícola, biotecnologia, captura, cultivo de organismos aquáticos, na inspeção de pescado e na patologia de organismos aquáticos, de forma a contribuir com a melhoria da qualidade de vida das comunidades.
A secretaria do Departamento de Engenharia de Pesca e Aquicultura (DEPAQ) funciona no andar térreo do galpão do DEPAQ, que fica atrás da garagem da UFS e da Prefeitura do Campus de São Cristóvão.
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