Dada a demanda local, esse primeiro curso de especialização foi reiterada e ininterruptamente reeditado. Em 26 de setembro de 2005, incorporando professores da área de administração, e mais uma vez com o apoio da CAPES, foi criado, no NUPEC, um mestrado profissional em "Desenvolvimento Regional e Gestão de Empreendimentos Locais". O sucesso dessa experiência levaria à criação, primeiro, de um mestrado acadêmico na área de Administração na UFS (PROPAD) e, em seguida, do mestrado acadêmico em economia que herdaria o nome NUPEC, surgido em 2014.
O mestrado profissional permanece, agora sob a sigla PROPEC, e tratou-se de ajustá-lo às novas condições. Na verdade, desde o início, o interesse maior dos docentes era a criação do mestrado acadêmico, como ponto de partida para um futuro doutorado. Com o NUPEC cumprindo essa função, e dado o afastamento dos docentes ligados à área de administração, o PROPEC teve que buscar uma nova identidade. De início, opta-se pela concentração das atenções do grupo remanescente em projetos mais específicos, dirigidos a atender especialmente a demanda das instituições públicas do Estado.
Com a mudança regimental, aprovada no CONEPE em 25 de junho de 2018, a área de concentração do PROPEC passou a ser "Desenvolvimento Regional", com as seguintes linhas de pesquisa: 1. "Desenvolvimento Econômico" e 2. Cultura e Desenvolvimento".