A vontade de implantação do Curso de Farmácia na UFS vem desde a entrada de professores Farmacêuticos no DFS na década de 90 e também da carência de profissionais farmacêuticos detectada no Estado de Sergipe. A criação do curso de Farmácia não foi só realizada com o intuito de adicionar "mais um curso" ao quadro da Universidade Federal de Sergipe (UFS), mas sim com o objetivo de apresentar a comunidade Sergipana excelente serviço de educação em saúde nas áreas das Ciências Farmacêuticas.

Os Cursos de Graduação em Farmácia Bioquímica Clínica e Farmácia Clínica Industrial foram criados no ano de 2000 através de Resoluções dos Conselhos Superiores da UFS, através dos respectivos Atos de Autorização: Resolução nº 11/00 CONSU de 01/09/2000 para Farmácia-Bioquímica Clínica e Resolução nº 12/00 CONSU de 01/09/2000 para Farmácia-Clínica Industrial. Em 2006 foi implantada a modalidade de Farmacêutico Generalista pela Resolução Nº 02/2006/CONEPE, revogada pela resolução Nº 118/2006/CONEPE e alterada pela resolução Nº 34/2009/CONEPE

Em maio de 2012 foi inaugurada a sede do Curso de Farmácia, neste mesmo ano, a Resolução Nº 37/2012/CONSU, cria o Departamento de Farmácia no dia três de outubro de 2012. O Departamento de Farmácia conta atualmente com 16 docentes, cinco técnicos de laboratório e um técnico administrativo.

Atualmente o Curso de Farmácia apresenta carga horária total de 4.365 horas em turno diurno de funcionamento. O tempo de integralização do currículo é de 10 (dez) semestres, sendo a duração mínima de 10 (dez) semestres e máxima de 16 (dezesseis) semestres. O Curso de Farmácia tem ingresso no semestre letivo correspondente à aprovação em Processo Seletivo adotado pela UFS, sendo ofertadas anualmente 80 (oitenta) vagas. Os números máximos de alunos matriculados, em regime semestral, por turma em aulas teóricas e práticas são de 40 alunos e 20 alunos, respectivamente (Resolução Nº 09/2015/CONEPE).