O curso de Medicina tem por objetivos formar profissional médico generalista, humanista, crítico e reflexivo, com capacidade de atuar de forma integral e ampliada na promoção, prevenção, recuperação e reabilitação da saúde, baseado em conceitos éticos e morais e práticas interdisciplinares voltadas para as necessidades individuais e coletivas da população, com responsabilidade social e compromisso na defesa da cidadania, da dignidade humana e da integralidade da saúde, observando na transversalidade das suas práticas a determinação social do processo saúde-doença, tendo como eixos da formação médica as áreas de Atenção à Saúde, Gestão em Saúde e Educação em Saúde.

Busca formar médicos que apresentem um perfil de competências baseado em conceitos e práticas interdisciplinares e transdisciplinares voltados para as necessidades de saúde dos indivíduos e das coletividades; fornecer visão integradora das teorias e das práticas, do conceitual e contextual, com formação crítica e reflexiva, contextualizada em termos das ações e sistemas de saúde socialmente instituídos, formando profissionais capazes de aprender continuamente, avaliando criticamente seus saberes e ações; constituir um agente permanente de mudança, de forma coletiva, através da interação entre a Universidade, o Sistema de Saúde, seus trabalhadores e usuários; oferecer formação baseada no processo saúde-doença, com perspectivas sociais dos seus determinantes, assegurada pelos desempenhos cognitivos, atitudinal, afetivo e psicomotor dos estudantes, com constante percepção da sociedade e de suas necessidades, da importância social do trabalho, da postura ética e humanizada; ser mantenedor e amplificador da qualidade do sistema de saúde, mediante a educação permanente em saúde dos docentes, discentes, dos trabalhadores e da comunidade, e capacitar para a gerência na organização, acompanhamento e avaliação do trabalho em saúde.

O curso de medicina funciona em seus dois primeiros anos com atividades concentradas, em sua maior parte, na Cidade Universitaria José Aloisio de Campos (campus de SÃO CRISTÓVÃO). A partir do quinto ano as atividades se concentram no campus da saúde em Aracaju