O curso de Filosofia da Universidade Federal de Sergipe nasceu de uma iniciativa eclesiástica. O segundo bispo de Aracaju, D. Fernando Gomes, solicitou ao governo federal a instalação de uma Faculdade de Filosofia em Sergipe, gerida por uma associação sem fins lucrativos, que se chamava Sociedade Sergipana de Cultura. Esta associação, tendo como base a Igreja, mas com forte apoio do Estado, tinha como fito primeiro formar os seminaristas para a vida eclesiástica, mas aberto também para os leigos de forma geral. Foi com este espírito que no dia 23 de fevereiro de 1951, por meio do Decreto 20311, o então Presidente da República Getúlio Vargas autorizou o funcionamento do curso de Filosofia, da Faculdade Católica de Filosofia, a FAFI, que teve como primeiro diretor, o Pe. Luciano José Cabral Duarte. Em 1954, o curso foi reconhecido pelo Decreto presidencial no 34.963. A Universidade Federal de Sergipe foi fundada em 1968, resultado da união de 4 faculdades isoladas: a Escola de Química (1948), a de Ciências Econômicas (1950), a Faculdade de Direito (1951), e por fim, a Faculdade de Filosofia (FAFI). A FAFI, ao passar a integrar a nova Universidade, transformou-se em Instituto de Filosofia e Ciências Humanas que, depois da reforma educacional de 1971, passou a ser chamado Centro de Educação e Ciências Humanas, sendo o Departamento de Filosofia uma de suas unidades. Em 1969, sobretudo, foi cada vez menor a procura pelo curso, forçando o Conselho de Ensino e Pesquisa a suspender novos vestibulares para o curso de Filosofia. Isto significou, na prática, o fim do curso de Filosofia na Universidade. Esta decisão teria sido motivada mais por questões políticas do que burocráticas, em função do recrudescimento do regime político no Brasil. No entanto, há duas versões oficiais sobre o que teria justificado o fim do curso de Filosofia: 1) que a nova estrutura universitária facilitara a migração dos estudantes do curso de Filosofia para outros, mais técnicos e vantajosos financeiramente; 2) que a formação do colegiado era heterogênea e por isso os seus componentes não eram afeitos à causa filosófica, gerando grande desinteresse pelo curso. Com a decisão do CEP, as vagas disponíveis passaram a ser preenchidas pelos cursos de História e Geografia, e os professores de Filosofia integraram o corpo docente do departamento de História. Em 1978, houve uma tentativa de retomada do curso e do departamento, que foi em vão. Uma outra tentativa se sucede, em 1982, cujo pedido ficou arquivado na acessória jurídica até 1985, sendo posto de lado logo depois. Em 1992, o Prof. Edmilson Menezes Santos retomou este projeto iniciado em 82 e deu início à nova tentativa, desta vez bem sucedida, de desmembramento dos departamentos e a consequente reabertura do curso de Filosofia. Por meio da resolução 06/93 do CONSU foi aprovada a reativação do Departamento e autorizada a reabertura do curso para o ano seguinte. Após 25 anos de longa ausência, a Filosofia voltava à Universidade Federal de Sergipe. Em 1994 deu-se início à nova fase do curso de Filosofia.